Soy feliz. Estoy optimizando mi forma de trabajo para hacer frente a proyectos mas grandes y he encontrado la solucion maravillosa (para mi, claro, para grupos de trabajo grandes esto seria inviable).

Eclipse + Zend Studio debugger en el servidor de desarrollo + Remote System Explorer End User Runtime.

El eclipse se conecta por ssh al servidor, y puedo trabajar con los ficheros remotos directamente. El zend debugger se conecta por un tunel ssl y puedo hacer debug de PHP en tiempo real, sobre el servidor, viendo los resultados. Es un gustazo.